Horta de Sant Joan, por su situación más al sur de la comarca, tiene unas especificidades propias. Mientras que el clima de la mitad norte de la Terra Alta es mediterráneo con tendencia continental, la zona sur recibe más influencia del aire marítimo. Además de esta influencia suavizadora, los efectos derivados de la altitud dan paso a ambientes más frescos y húmedos, en contraposición al clima más seco de la zona norte.
El Parque Natural de Los Puertos, Reserva de la Biosfera, es el pulmón de la zona. Se trata de uno de los espacios mejor conservados del área mediterránea y alberga una importante muestra de flora y fauna. En la zona de Horta, situada en la parte interior de Los Puertos, y debido a la altitud, el clima se transforma en submediterráneo, con un aumento de las precipitaciones y una disminución de la temperatura media.
Por la tarde, cuando sopla el viento de garbí, las cepas están encantadas con la humedad. Los Puertos presentan grandes contrastes y se puede pasar de la calma más absoluta al viento de cierzo, mucho más huracanado pero que ayuda a que los viñedos sufran menos enfermedades.
La viticultura de Horta de Sant Joan es un tipo de viticultura más compleja que hace que la uva tenga sus propias particularidades.
